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琼崖的事情告一段落后，张鹏飞便即回师。这次出兵虽然未能完全剿灭石壁，但也给与其沉重打击，相信在短期内其不会再出来兴风作浪了。
在回师途中，张鹏飞率船队去了一次澳门，与青衣社的毛羽等头目商议，觉定建立遍布两广和南洋的情报系统。
这次他还招募了许多葡人技术人才，回到万山后便开始发展万山工业，主要有肥皂厂，专门捕杀鲸鱼熬油制作肥皂；玻璃厂，不但生产玻璃器皿，也用玻璃和锡片制作玻璃镜。
在这期间，万山炮厂也相继研制出几种型号的铁炮，并掌握了自主研发火炮的能力，为大鹏所军的发展打下了坚实基础。
从琼崖回来一个月后，万山岛迎来了一场喜事，张鹏飞终于和叶小慧喜结良缘。
此后数月张鹏飞又剿灭数股海盗，兵锋直指猫岛的徐贵相，而这时两广沿海的小股海盗纷纷前往蜈蜞屿投靠郑廷球，郑廷球趁势召开三十六岛联盟会议，完成了南海海盗的整合，也率领海盗船队来到猫岛支援徐贵相，双方展开一场大战，最后大鹏水营依靠强大的火力击溃海盗船队，击杀和俘获了海盗头目数十名，郑廷球率海盗残兵落荒而逃。
在此期间，张鹏飞手下的邓让阴谋刺杀张鹏飞，却被早有防备的张鹏飞擒获，原来这邓让真名叫郑让，却是郑廷球的亲弟弟。
郑廷球逃回蜈蜞屿，走投无路。军师王天漠向其献计，让海盗扮作明朝使臣前往突袭渤尼国。
渤尼国此时正面临荷兰人的侵略，正无计可施，见明朝使臣到来大喜过望，以为找到了靠山，是以对这帮假使臣毫无防备，渤尼国王还在皇宫设宴款待。
在酒宴中，郑廷球以赏赐为名，设下伏兵擒获渤尼国王和大臣、贵族数百人，并杀死渤尼国军民上万人，此后海盗们放出渤尼王子，以其为傀儡统治渤尼国，而郑廷球等海盗便盘踞渤尼王宫作威作福，并大肆搜刮金银财宝。
此时张鹏飞率船队来到蜈蜞屿，渤尼王子得到消息假扮渔民上岛向明军求援，于是大鹏所军在王子的带路下于夜晚奇袭渤尼王宫，击溃海盗并救出国王等人。郑廷球带着财宝落荒而逃，被张鹏飞设伏兵擒获。
平定海盗后，张鹏飞不但吞下价值上百万两白银的财宝，还向渤尼国勒索了位于婆罗洲西北相当于琼崖岛面积的一块盛产黄金的土地，命名为金山，开始从广州招募流民向金山殖民，并在蜈蜞屿建立了殖民统治机构。
而郑廷球等一众海盗在张鹏飞的威逼利诱下投降张鹏飞，成了他手下一支隐藏的力量，其中郑廷球的军师王天漠就是小时候帮张鹏飞算命的王半仙，其人见风使舵投靠了张鹏飞，成为张鹏飞手下第一谋士，为以后张鹏飞的事业出谋划策立下汗马功劳。
正当南海剿匪告一段落之时，远在粤北的猺民之乱却愈演愈烈，连山知县朱若迄惊恐万分，先后四次上疏朝廷，请兵剿瑶。崇祯十四年五月，明皇帝命两广总督沈犹龙、总兵施王政等，调集楚、豫、闽各省兵合剿八排瑶。而瑶民毫不畏惧，英勇抗击官兵。至次年二月，官兵剿瑶不克，反而被义军斩杀了号称“骁勇善战”的广州副总兵陈鹏、守备黎树绩等头目和大批“敢死士”。
沈犹龙走投无路之下便调张鹏飞北上剿猺，张鹏飞到连山以后向沈犹龙献上堡垒战略获得批准，于是张鹏飞带领军士和工人凿山开采石块和烧制水泥，在叛乱区筑堡垒上数百座，上面多设火器，使装备简陋的猺民无法攻克，如此一步步压缩了猺民的活动空间，加上银弹攻势和分化瓦解，双管齐下终于平定招安了猺民。
此刻张鹏飞声势如日中天，这引起了广州军政两方中许多人嫉妒和恐慌，他们勾结在一起，以南头参将王彦充为首，在南头大营设下鸿门宴，并以南海卫指挥使陈奉先的名义邀请张鹏飞前去赴宴，并在席间伏下刀斧手企图斩杀张鹏飞。
张鹏飞看在陈奉先的面子上前去赴宴，在船进港口之时事先受过张鹏飞救母之恩的南头把总孙大虎炮击张鹏飞座船，王彦充等人见事情败露便伏兵四出围攻张鹏飞。
张鹏飞依靠座船的强大火力杀出重围，回到万山岛，他发现副千户康伯冲父子带着一帮人拿着广东都司的军令企图夺取兵权，便调动亲信粉碎了其阴谋，当场砍杀康伯冲父子，又调动军队控制了万山岛、三门岛、大鹏所城等战略要地。
其后张鹏飞采纳王天漠的建议，伪造*假传沈犹龙的命令，宣称南头参将王彦充勾结广州总兵宋纪等人造反，下令大鹏所军平叛，大鹏官兵并不完全相信，但一方面他们对张鹏飞的遭遇非常愤慨，另一方面他们大多数人的身家性命已经被绑上张鹏飞的战车无法摆脱，便听从了张鹏飞的命令，只有张择善等少数军官反对出兵，但旋即被张鹏飞软禁起来。
于是张鹏飞尽发大鹏所军水陆二营和平海营，加上南海数十座鱼厂、工厂的工人管事，外加疍民、艇民，还有臣服于张鹏飞的海盗，共计水陆大军三万余人起兵，兵分两路对南头大营和广州城同时发起进攻。
在大鹏所军的猛烈攻势下南头大营才抵抗半天便告陷落，防御空虚且毫无防备的广州城也很快落入张鹏飞手中，城中的大小官员束手就擒，数日后，广州府南部的所有州县全被大鹏所军控制。两广总督沈犹龙欲要自杀却被青衣社打入其身边的特工阻止，也做了张鹏飞的阶下囚。
张鹏飞进入广州城严明军纪，大鹏所军秋毫无犯，张鹏飞又广贴安民告示并开仓放粮以争取民心，广州府的局势很快便稳定下来。
公元1643年3月，张鹏飞成了广州府的主人。
明廷得悉张鹏飞叛乱，调集湖广和两广的四万明军前来平叛，但明军装备低下士气低落，根本不是大鹏所军的对手，一战便被大鹏所军打得溃不成军。明廷又下令福建的郑芝龙出兵，郑芝龙派出水陆大军五万人向广州逼近。
关键时刻王天漠自告奋勇充当说客前往郑军大营，说之以鹬蚌相争渔翁得利的道理，郑芝龙也怕和张鹏飞硬拼损失惨重，反而被朝廷兔死狗烹，于是出工不出力。
而此时离李闯进京不过一年时间，明廷的局势已经糜烂到不可救药的地步，再也不可能拿出多少力量对付张鹏飞，至此，明廷拿张鹏飞再无办法。