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杨明派五万大军去围攻重庆城着实让陈士奇捏了一把冷汗，尽管汉家军已经回撤许久，他依旧不敢再随意调离重庆府的官军，甚至还从乐山、泸州等到调来数万官军，以策安全。
当然，也因此，陈士奇就没有再进军夔州府的意思，而且现在除了秦良玉，也没有哪支川军刚与汉家军较量。
不过，秦良玉倒是一直主张趁着杨明和汉家军立足未稳时一举夺回夔州府，毕竟夔州府是川东第一门户，若不夺回，汉家军随时可能南下占据重庆、甚至是成都。但陈士奇对秦良玉的建议是置之不理，也不准秦良玉离开重庆府，他也知道现在重庆府还在朝廷手里就是因为秦良玉在这镇着，他可不愿意冒此风险。
秦良玉手里只有数百白杆兵，没有巡抚陈士奇的支持，她就成了没爪子的老虎，也无法对杨明采取反击，如此一来，两边很默契地保持了平静。
陈士奇已经下令让夔州境内的官军撤回重庆府，不过这些官军在撤回来之前倒做了一次强盗，似乎这夔州府的百姓已经不是大明的百姓一样，官军们真正是掘地三尺，特别是在新宁、梁山一带扫荡的曾英手下胡鸣凤所部，硬是因为劫掠了数百万财物与数十万石粮草而滞留在夔州府境内十多天。
这样一来，倒给了汉家军笼络民心的机会，杨明闻听官军的恶行后果断命令各营战士立刻对这些官军展开报复，因而这些官军好不容易打家劫舍下来的无数财物都进了汉家军的腰包，也为杨明接下来发展生产、扩充军队奠定了基础，而且汉家军还因此获得了夔州府百姓们的好感，这些官军临了还给汉家军做了嫁衣，说来也着实让人捧腹。
不过战争结束后，杨明并没有因此而变得轻松，他既要着手对汉家军进行改编扩充，还要进行深化改革，而且当务之急是要尽快恢复整个夔州府的经济和生活秩序，许多县城因为没有官吏，已经变得十分混乱，各地也不知道冒出了多少土匪强盗，而这些都需要他即刻遣派官吏进行治理，但由于他的汉家军军政府并不算是合法政府，严格上来说还是一流贼政权，许多官僚士绅并不合作，甚至还暗中作乱；尽管有及个别的官僚不在乎这些，但这些大多品行有亏，与其说是治理地方倒不如说是搞乱地方。
因而，杨明必须加紧招揽官员以维持秩序，但在之前又必须对这些官员进行甄别，而且也必须得尽量任用老人，毕竟这些人才最值得信任，而且人家跟着你，你总得给人家更大的分红不是，要不然谁愿意跟着你这么个流贼政权。
饭要一口一口的吃，事情要一件一件的做，杨明决定先进行一次行政区域划分，即将原来的东乡县军政府改为夔州军政府，下辖两个府。其中，达州、新宁、东乡、太平、紫阳等县组成绥定府，其余县镇依旧归于夔州府；然后，再进行官员选派和任命。而军政府中央机关则分为两个体系，一个是分守道，一个是分巡道。
现在归附汉家军的待选官吏中主要有三类人：一是原汉家村的人，即已经于西林书院毕业的青年和张有财、兰良善等具有一定教育背景的老人；二是在占据东乡县时就归附汉家军的人，其中的代表就是归崇春；三是投降官僚和应招而来或者被汉家军强行控制的朝廷官员如商道行等。
杨明对这些待选官吏的信任程度也是由这三类层次而逐级降低；但选任官员不能只以亲疏为区别，要想实现行政与改革的高效率就必须以能者居上为首要准则。因而，在优先选拔旧人的前提下，杨明还是根据众人的特长与才干优劣进行了选派，例如归县丞因娴熟政务且听话办事而被直接提拔为夔州知府，张有财则成了分守道，主管粮秣赋税，兰良善则成为了绥定知府，商道行依旧是分巡道，主管治安与监察。
对于各县的县令，杨明自然是优先任用了从汉家村走出的学员，其中年仅十五岁的林嘉元就成了东乡县有史以来最年轻的县令，而奉节县县令则是已经具备基本业务处理能力与读写能力且刚刚从汉家军退伍的何大叔，也是奉节县有史以来最年长的县令。
但是汉家村中能直接当官的人毕竟还是少数，杨明主要还从东乡县的原有官吏中选拔出一些才干卓越担任县令，以前在县衙只是一个普通的书吏的也因此做了一方父母官；不但如此，杨明还有意选择一些出身贫寒的秀才或童生亦或是连童生都不是读书人担任县令，这些人自然对杨明感激不尽，在杨明以后推行的改革中也是积极响应，毕竟杨明接下来要对官僚士绅动手，如果让士绅阶级出身的官员去做，只怕阻力会很大。
“公子弃清流而用循吏，下官对此很理解，毕竟这些所谓的正人君子除了吟风弄月也的确做不出几件利国利民的事来，但总不能白养着他们吧，现在到下官这里报名的举人秀才越来越多，连进士都有，该如何处理他们，还请公子裁夺！”
杨明为稳固夔州府的局势，自然要做出一副虚席以待贤士的姿态，所以就让商道行专门负责招揽贤达之士以备选用，来商道行这里求官的士子倒是不少，但杨明却很少任用，而且许多重要职能部门基本上都是任用的是一些老人或者是原有的吏员，而来商道行这里报备的士子又都以房杜自居强烈要求杨明重用他们，所以这让商道行很是为难。
“是这样的，商大人，夔州府不仅仅需要行政人才，也需要教育、医疗、文化宣传等方面的人才，我打算鼓励一批士子携笔从戎去汉家讲武堂进修一段时间然后进军队担任思想政治与宣传方面的官员，而在格物、农耕、医疗、商贸等方面有特长的士子则也可以优先进修，然后成为各方面的技术官员；对于什么都不擅长只知道八股文章的人干脆全部打进教育系统，反正夔州府教育亟待加强，这些人没什么用但教人识字总行吧。”
听闻杨明不但不任命他们当官还让他们去学习，而且学的还是武夫打战之事、农桑稼穑之事、格物杂学等，这些士子们瞬间就炸了，一些人干脆就义愤填膺地回了家还说贼子就是贼子，尽做些荒唐之事；一些人则叫嚣着要打当面与杨明讲讲理，讲讲他为何要本末倒置，不尊儒学；一些人采取妥协，不当官就不当官，情愿去教育系统当一名光荣的人民教师。
对此，杨明也不管，没心思也没精力去理会这些人。既然大多数人愿意教书，他也很支持，干脆就拨一笔款子将两府十三县的原有社学收购并在此基础上建立了一批公立学堂，以专门负责蒙童的教育，而这些士子们也都被派遣到这些地方去当塾师。如此一来，尽管各个系统都缺人，但唯独初级教育这块做到了村村有塾师。