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公元1402年，明朝建文帝四年，六月。
南京城内外喊杀震天，燕王朱棣的十万大军正在和守城的建文帝大军拼命厮杀，城上城下，乱箭齐发，炮火连天，南京城墙上密密麻麻的云梯在攻城，城墙上的守兵或用石头，或用火器，或用短刀，或用长枪，斩杀来犯之敌，燕王大军一波波的攻势都被守兵打下去，有好多小部队已经登上了城墙，终于寡不敌众还是被守军杀死，尸体扔下城头。
靖难之役已经打了四年，铁铉死守济南，燕王无法攻入，正进退不得，姚广孝书信建议绕开济南，直取南京。朱棣绕开济南，过山东境，在安徽境内与追来的山东兵马作战被打得大败，双方相持于淝水。建文帝知道燕王要直取南京，不知道听了谁的馊主意，紧急调朝廷大军回防，燕王趁势大破山东兵马，长驱南下，扬州不战而降，大军直到南京金川门下。
朱棣与随从在高处观战，北京信使快马前来，交给朱棣书信，朱棣面色沉重打开，上面姚广孝所书：“南京城破，方孝孺必不肯降，愿王能不杀，以留天下读书种子。”朱棣看完书信，看着南京城鏖战正酣的双方，良久不语，最后转身对信使说：“回去告诉少师，就说本王知道了，会按少师的意思做。”信使躬身答应：“是！”上马飞奔离去。
北方信使才走，前方探马来报：“报大王！曹国公李景隆已经打开金川门迎降！”朱棣大喜，说：“进城！”三军纷纷高呼不已。
大军进入南京城内，道路两侧文武大臣和百姓跪地迎接，个个满脸惶恐。朱棣端坐马上，偶尔遥望远处高高的皇城，脸色复杂，对左右说：“发安民告示！叫吏民不必惊慌。”
朱棣安民告示：“本藩受太祖之命，固守北平，以御外寇。圣上受奸臣挑唆，残害骨肉，本藩不得已起兵靖难，以保我大明江山社稷，全圣上与众藩骨肉之情。今入南京，秋毫无所犯，百姓宜各安其所，勿传谣言！唯奸臣当道，有罪者本藩不敢赦免，然无罪者本藩亦不敢加诛，如有误伤遇祸，绝非靖难本意。”百姓看到，都相互称幸，有好多百姓纷纷说：“这下可以太平了，燕王说不会乱杀人了。”有个花白胡子的老者暗暗摇头。
朱棣大军驻在金川门，大帐内，朱棣将一封信交给一个随从，说：“将这封信马上送交圣上。”随从答应离去。大将军张辅说：“大王，为什么不派人攻打皇城？南京都拿下了，小小一个皇城，还不是手到擒来？”朱棣说：“不可，本王为靖难而来，一切要看圣上怎么做。”张辅说：“他还能怎么做？乖乖让位，免伤和气！如果不从，我们就大军攻城了。”朱棣不语。良久没回信，朱棣着急，在大帐内走来走去，旁边众将都焦急的看着他。
突然外面有人喊：“大王！大王！皇城失火！”朱棣大惊，一起出门观看，只见皇城一股黑烟直冲云霄，朱棣说：“快！速速前去救火！”有将领得令而去。朱棣帅众将赶到皇城，经过太庙、社稷坛，眼前大火熊熊，奉天殿被火海笼罩。
残缺不全的奉天殿中，一大一小两具烧焦的尸体摆在地上，朱棣注视良久，问：“这是圣上和太子吗？”从人说：“让众人都认了，烧的太厉害，看不出来。”
朱棣登基之后，并非象安民告示所言就此罢手，而是大肆株连，大杀不屈从旧臣，手段残酷，花样翻新，其中齐泰、黄子澄、方孝孺、铁铉、景清、卓敬、暴昭、练子宁、毛泰、郭任、卢植、戴德彝、王艮、王叔英、谢升、丁志方、甘霖、董镛、陈继之、韩永、叶福、刘端、黄观、侯泰、茅大芳、陈迪，大部分被凌迟，家人族人男丁被诛杀流放，女子入教坊司为娼为奴。
其中以方孝孺铁铉景清遇祸最惨，方孝孺被诛十族，历史仅有。铁铉被吃自己肉，问甜不甜，铁铉答，忠臣孝子肉，甜！被凌迟油炸。景清上朝行刺朱棣未遂，被割去舌头，凌迟剥皮。
朱棣又广招锦衣卫，寻找漏网之人，大肆株连杀戮。
但建文帝和太子生死不明，那两具烧焦的尸体到底是不是，谁也不敢说，此事始终不让朱棣放心，锦衣卫全国暗中搜捕之外，又密令大臣胡濙离朝暗访。