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但青阳也不希望自己最珍贵的素材——张克会在事故中受伤，于是在博物馆建成前夕，通过记忆药剂，将张克跟袁秋实再次重新调换了回来。
如今，袁秋实重新回到了自己的人生中，只可惜等待他的，却是爆炸之后的残疾和重伤。
不过，大约是他本身就体质特殊，又因为剧痛在生死边缘弥留，他的大脑中本能的泛起些许，并非自己亲身经历的记忆，这时他才发现，自己的人生似乎被另一个人所偷走了。
发现了这一点的青阳极为惊讶，原本打算任凭其自生自灭的，现在也只好出手救了他，但为了不让自己的计划暴露，索性编了一套青天教末日预言的说辞给袁秋实，还把《青天示秘录》丢给了他。
当时已经万念俱灰的袁秋实，早就没有了自我思考的余地，再加上青阳的的确确救了自己，便真的信了他的鬼话。
青阳看他倒也很有趣，便也指导他进行了一些研究，还帮助他在盗宝团伙里取得一定地位，并且派了一个女性克隆人但当他的秘书，辅助他的同时也是在监视。
但让青阳始料未及的，是南宫羲和也在这次事故中遭受到了重伤，几乎就要死亡，特洛伊只能将她的大脑保存下来，放入“泡影阿瓦隆”虚拟现实机器中，将其培养成缸中之脑来得以勉强存续。好在被神蛊改造过的脑子，活性强度足以长时间幸存。
但对于特洛伊来说，羲和的离去仍旧是一个巨大的噩耗，长久以来，他一直都是以对方为基准点，才能感知到自己活着的存在感。于是他接受了羲和闭上眼睛前的遗愿，继承了她的身份活下去， 将一切记得羲和人的记忆修改，导致他们产生了错误认知，无论是身份错位还是时间错位。
而因为这件事，特洛伊终于在心中和青阳彻底分道扬镳，就算一向愉悦至上的他，也感到青阳有些疯魔了，因为青阳对此竟然毫无反应，只说这是进化之路上的必要牺牲。
出于自身喜爱将水搅浑的性格，特洛伊选择帮助老吉，因为彼岸花的研究与目的，都正好和特洛伊的希望不谋而合。
于是特洛伊便前往彼岸花，也就是后来的海上花酒吧提供许多帮助，使得他们的实力大大提升。另一边彼岸花还要安插间谍在归墟高层，这帮助他们一次又一次的逃过了归墟派出的剿灭行动。
感受到自己逐渐众叛亲离的青阳，却仍旧没有一点收手的意思，甚至觉得应该尽快加速进度，获得最终的成果。
于是他准备将所有选中的人，都在注射记忆药剂后，搬到一个与世隔绝的小岛去，在那里建造、或者说复制出一座一模一样的申城来，将这些人转移其中，记录观察他们生活工作中的各种行动和数据。
蓝姐得知这个计划后，生怕自己到时候也会被洗脑，或是被限制能够使用的科技手段，于是她在那座建立复制申城的孤岛上，仿建的“春申遗迹”地下，用伪造古物的手段，留下了许多尖端科技成功的说明文字，以求日后能够翻盘。
将视角转回张克这边，终于回到自己人生的张克，他所接手的，却是被袁秋实蹉跎四年后的人生。
因为袁秋实与记忆药剂的同步率并没有张克那么高，所以他作为张克的那几年里，几乎都是浑浑噩噩渡过的，最终只能做个仓库管理员混饭吃，张克被迫接受了这种人生，一时之间也无法改变，而袁萌萌却还是对心中的爱情幻想坚信不疑，对他不离不弃。
这段时间里，蓝姐还与韩刚父亲的公司进行合作，为其开发保健品，但实际上却是暗中利用韩氏科技集团的资源，避开的归墟耳目，研究一种可以直接刺激神经中枢，强化人体部分功能的药剂——而她就是彼岸绚华的前身，后来这个项目，也被她托付给了律子。
蓝姐甚至还提取了张克手臂上的瘢痕，做了一根不会褪色的钢笔，也放在了韩刚的身上。
……原来是这样，这就说得通了——蓝姐为什么会跟韩刚公司有合作？为何蓝姐会知道彼岸绚华的事？为何律子能够仅靠一己之力，就在并不算太长的时间里，研发了出这种近乎于“超人药剂”的东西？甚至袁秋实为什么要绑架韩刚？
这些疑惑，现在全都迎刃而解了——因为彼岸绚华原本就是蓝姐构思模拟的药物，律子只是接手她的工作继续开发；而跟韩刚父亲合作，也是因为有一层老同学的关系在其中，另外韩氏集团的财力和科技实力，虽然远远不及归墟，但用于开发一种特定药物勉强也够用了。
至于袁秋实，他原本就被青阳哄得一愣一愣的，想必青阳不会没有注意到，蓝姐在自己眼皮子底下搞的小动作。只是蓝姐作为科研组骨干成员，青阳在没有掌握绝对证据前，也不好直接动她，所以才派袁秋实前去打探情报吧。
这一刻，张克的内心感到激荡不已，长久以来的疑惑一个个被揭开，他发现自己虽是无意，却促成并卷入了一场巨大而疯狂的阴谋中——但那其中最疯狂的一幕，这才刚刚被拉开了序章。
又过去了一年，记忆中的时间，已经来到了2018年，无人岛的建造已经有了大致雏形，而青阳也决定下手转移，所有被他看中的实验体了。
但一座城市里突然间少了那么多平民，并且还要将他们完整甚至无伤的带往遥远的海岛，这势必会引起警觉和随之而来的激烈反抗。
青阳对归墟的实力很有自知之明，他知道若是倾归墟之力，要消灭掉几个小国不在话下，但绝不可能正面和东方的巨龙为敌，一旦自己的动作不够利索，引起中国军方的注意和反扑，那么即便是归墟，恐怕也覆巢之下无完卵。
原本，放弃以申城居民为实验对象，换一个边缘小国才是最合适的方案，然而青阳偏执的想要将这座自己出生的城市，当作第一个试验场。