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在时间轴里，白晶晶被失去记忆的孙悟空一棒打死后化作了白骨。而那个一直深爱着孙悟空的白晶晶，一直相信他能再次成为那个令神仙闻风丧胆的齐天大圣。她为了能让孙悟空以后还能认出自己，便在临死之前耗尽法力，将所有的灵蕴封禁在刻有“白骨夫人”四字的肋骨上，等待着下一个伤心人继承她的衣钵。
白虎岭之圣物氤氲骨的传说
白虎岭在很多年后，开始流传着一个传说，传说这里埋藏着一根叫氤氲骨的圣物，相传有一天，会有一个英俊的英雄来这里毁掉它。而那时的白虎岭下，有一个全国闻名的戏班，戏班里有一个水灵漂亮女孩。这个女孩每隔几年都会做同一个梦，梦到一个名叫白晶晶的女孩，而每次梦醒，女孩的身边都会有一个亲近的人死去。
爱情犹如烟花一般绚烂美好
后来有个家道中落的少年喜欢上了女孩，他总来看她，却总是郁郁寡欢，因为他屡试不第，但又看见无数个不学无术之徒捐官晋爵。女孩有时会和他说起自己身世及白虎岭的传说，少年对氤氲骨表现出浓厚兴趣，便兴奋热衷的向女孩打听关于氤氲骨的一切。后来，少年带着女孩一同历尽了艰险找到了氤氲骨，但那晚女孩又梦到了白晶晶，这不详的梦令她害怕。第二天少年找到少女带她一同启程寻找破坏氤氲骨的方法，他们一路靠着少女唱戏换取的盘缠过活。
不是戏子无情而是真爱难寻
故事并没有就此结束，这年的长安，突然出现一位年轻才俊，而那年的主考官则娶了个只会哭的小妾，并得到一件稀世珍宝。可好景不长，小妾偷走珍宝不见了踪影，人们开始感叹戏子无情。却不知白虎岭上，女孩衣衫褴褛拿着氤氲骨嚎啕大哭，她的眼泪和鲜血滴在氤氲骨上洗刷出四个字：“白骨夫人。”她戴上面具，在绝望与无尽的等待中化身白骨夫人，自此便有了白骨洞。
白骨夫人已经死去，但白骨系与建邺苍甲军的战斗仍在继续。白骨夫人最忠实的奴仆白虎将军试图从生灵中夺取足够的灵蕴来复活他永远忠诚的白骨夫人，而一直战斗在最前线的建邺苍甲军勇士也已然不知抵抗了多少年。
在这些建邺苍甲军勇士之间，流传着这样一个传说：勇猛的第一任元帅最早发现了白骨夫人妄图复活的计划，勇敢的他独自深入白骨阵营，与白骨系进行了最顽强的斗争……他再没有回来，但是这么多年过去，元帅的身影却一直没有离开苍甲军……
大陆上新来的英雄们也对白骨系的贪得无厌产生了深深的厌恶。他们一个个来到这里，在建邺苍甲军的指引下不断深入敌军，与白骨系斗争，为正义而战。英雄们不断突破白骨系的重围，寻找到了最勇猛的第一任元帅，随即他们详细地计划了该如何去击败白骨系……可是最终，这些英雄却发现元帅已经成为一个因为追寻力量而堕落的懦夫，他为了得到白骨夫人收集的灵蕴来强大自身已经不择手段，这些英雄只能打败一切，离开这个地方……
女儿国中的女子，她们曾是天宫中仙女，因思凡犯戒而被王母贬下凡间。她们被关在一处叫“结发界”的结界中，虽然葆有仙家的青春容颜，却被剥夺了自由，永世无法踏出结界一步。女儿国中流传着这样的传说——如果有人能给予她们真正的爱情，那么她们的罪便得到救赎，就能与心爱的人一同离开这座囚笼。
但被剥夺自由并非最残酷的惩罚。
在女儿国中有一条“子母河”。女子们需在每年的“开河夜”祭奠之上，饮下河水受孕怀胎。若怀上的是女婴，则留在国中抚养，若是男婴，女子们则需饮下聚仙庵的落胎泉水，将男婴活体催生。催生之后的男婴，则被送往万寿山五庄观，在血肉坛中酿制成“血婴”，以供养因移植而变异的“灵根”——“人参果树”。
而“人参果树”所结下的具有丰沛灵蕴的“人参果”，自然是落入了幕后黑手——镇元大仙和西王母的囊中。原来，所谓的“惩罚”不过是一个借口，在合法名目下建造一座婴孩生化工厂才是目的所在。那么，只要拥有真爱，便能从结界中出去的传说，自然就是一个飘渺的谎言。
在女儿国中，知道真相的有三人。一个是早已退位的女王，一个是现任执政者公主。以及一个关键性角色——“鱼龙”，和他的故事。
“鱼龙”在尚未变成一尾鱼之前，曾是一个深爱公主的人类男子。由于信奉“真爱”之说，公主因未能走出结界而坚信男子对她的爱只是谎言。为了证明自己的情感，男子断然跳入子母河中，结束了自己的生命。因怨念不消散而附身在巨鱼体内，变成了会人言的鱼精。鱼龙之死，令女王和公主洞悉到“真爱”传说的虚伪，那么打开结界的唯一途径，便是“力量”，需是超越结界设立者的强大力量。
而据说，那身怀烙印，能超越生与死、不在五行中的遣神者，便是拥有比神更强大的力量的人。可不知何故，作为遣神者的唐僧师徒，并没有替女儿国打开结界，甚至一去经年、音信全无……
唐僧师徒的离去断了女儿国借用遣神者力量的念想。女儿国接下来的路怎么走下去，母女二人因性格的差异导致了抉择的差别，更引发了国民间信仰的矛盾，而这也正是玩家来到女儿国时所看到的情形。
为了国民不至绝望，女王仍然宣扬“真爱”之说。但面对无法踏出结界的事实与国民期盼的压力，她选择了逃避，将自己关在玩偶冢中不接受任何人的觐见。
“要想打破结界，只有拥有力量。”自公主登基依始，这个坚定的女子便决定走上一条可能会令国民唾弃的道路——积极与镇元大仙合作，签订协议，提高婴儿产量，并于“人参果”分配中占有少量分成。她要通过人参果变得强大，然后以一己之力打破结界。为了取得镇元大仙的信任，她甚至献出了自己的亲生骨肉……
作为新一代遣神者，玩家循着“灵根”的线索来到女儿国。从御史琴舞（公主势力代表）与翩翩（国民势力代表）这两姐妹在“开合夜”（典型时间）当天爆发的矛盾纠葛切入剧情。
公主势力逼迫国民生产（矛盾核心），妹妹翩翩无法摆脱命运，于是撞井自杀，引发了玩家对国民的深刻同情，进而投身到反对公主暴政的反抗势力中。
鼓励生产的公主，被称之为“蜂后”，而反对公主的势力则自称为“灭蜂者”。灭蜂者信仰“真爱”之说，她们希望女王复辟，推翻公主统治。但，表面看似正义的灭蜂者却陷入了信仰的癫狂中。她们拦截所有途径女儿国的男子，希望从他们身上获得爱情，而一旦测试无法出去，她们便愤恨男子虚伪的爱意，残忍的将他们杀死。长此以往，灭蜂者失去了辨别情感和是非的能力，成为了恐怖的“蜂女人”。
通过一连串的主线任务，借由玩家双手，化解了公主势力与灭蜂者势力的矛盾。也因玩家遣神者的身份，令女儿国的人民对自由燃起了新的希望。
在故事的结尾，全体国民来到结界旁，在结界打开的那一刻，却出现了意想不到的结果——原来，只要踏出结界，女儿国的人便会失去仙身，迅速的衰老、死亡。
“虽不能自由的生，但终能自由的死，多年来，我们女儿国所求的，不正是这一天么？”女王坚定的迈出结界。
“不，这仍是他们定下的命运。我要让那上天知道，即便是死，女儿国也绝不屈从你们的安排！”公主向天空呐喊。她似乎听到了天空中传来戏谑的嘲笑。
雷鸣声起，天空中天兵部队大举袭来，镇压这群叛逆的女人。看来，女儿国再无安宁之日，而玩家也将与女儿国人民站在一起，迎接未来的挑战！