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从开始到结束，美军舰载机群对日本南方面舰队的第一波攻击历时37分钟，他们以损失战机41架的代价，创伤敌方全部三艘主力航母——“笠置”被四枚航空炸弹和一条鱼雷击中，不但基本丧失了战斗力，连带未及起飞的四十多架舰载机全部报销；“生驹”号被三枚炸弹命中，经舰员抢修勉强恢复了舰载机起降能力，但在接纳两艘友舰所属舰载机后，它已经没有甲板空间再去施放或收回舰载机了；“阿苏”号挨了敌方舰载机的高空轰炸，又被三枚普通航空炸弹击中，火势一度失控，差点遭到放弃，伤势得到控制后，便在僚舰的贴身保护下率先撤离战场。
尽管心有不甘，在暂时丧失航空战力这种相当不利的境遇下，栗田健男只好率领舰队主动退出战斗。借着雨幕的掩护，日本南方面舰队残存舰只最终得以摆脱美军太平洋第1特混舰队强势的空中打击，而3艘巡洋舰、3艘驱逐舰连同两百余架舰载机、三千多名官兵则就此消陨在了菲律宾东南海域……
菲律宾海一战，实力强大的美国太平洋第1特混舰队以微不足道的代价换来了一场酣畅淋漓的大胜，彰显海军航空兵技术革命性展带来的丰厚回报。海战结束后，哈尔西率领舰队再次逼近吕宋岛，对日本驻军部队实施了第三轮空袭。由于技战术层面的劣势，日军驻防部队在这一轮打击中损失惨重，部署在吕宋岛及周边岛屿的6基雷达站大多被摧毁，大量军事据点在遭美军轰炸后被菲律宾抵抗联盟武装攻破，日军在菲律宾培植的傀儡武装陷于崩溃，日军部队的伤亡也急剧攀升。如若美军舰队继续保持这种压迫性的攻势，只消一个月时间，日军将被逐出菲律宾的大部分地区。
在此期间，重新组建的日本联合舰队终于完成了兵力集结，一支以四艘战列舰、七艘航母以及六艘新式重巡洋舰为主力的庞大舰队浩浩荡荡杀向菲律宾海域，日本6军和海军皆从东南亚各地抽调了航空兵派往菲律宾群岛，而持续的作战行动已使得哈尔西舰队消耗了三分之一的舰载机和相当一部分燃料弹药。对于这样的局面，无论参战者还是旁观者当中都存在两种论点：一种认为美国舰队一鼓作气地打垮日本海军主力，使战争的波及范围尽可能小、时间跨度尽可能短，以利于美国战后艰难复兴的经济保持向上的趋势；一种认为美国舰队应当避敌锋芒，返回夏威夷或新几内亚稍作休整，待日本舰队远离己方基地再寻找克敌制胜的决战机会。
将在外，军令有所不受。这句中国古语不但为中国的军事指挥官所推崇，在日本军队也时常成为军官们所引用的依据。联合舰队驶离本土海域之后，日军大本营和海军本部的各种见解、指示便只对舰队指挥者的决策起参考作用，面对实际状况采取何种抉择，舰队指挥官拥有绝对的决策权。
一战时期，航母舰载机开始威胁到战列舰、战列巡洋舰的核心地位，而到了二战，巨舰大炮的时代无疑已是日薄西山，战争结束后，海军航空流开始大行其道，各国竞相设计建造大型航母和研制造新型舰载机。在这种背景下，山本五十六作为日本海军航空流的代表人物，在日本海军的地位和影响力逐渐达到了顶峰。1942年联合舰队重新组建，他当仁不让地执掌起统御联合舰队的重任，并在日苏战争期间成功压制了苏俄太平洋舰队。战争结束后，山本凭借对海军建设做出的重要贡献和战争时期的卓著战功而得到擢升，此后长期担任海军军令部长，再无机会驰骋疆场。此次联合舰队重新组建，资历、声誉以及威望都较为突出的古贺蜂一成为了新一任的联合舰队司令长官。相比于特点鲜明的山本五十六，古贺蜂一既不是海军航空流的摇旗呐喊者，也不是对大炮或鱼雷心怀执念的守旧派，他担任过各级舰队和各种舰艇的指挥官职务，又在舰政本部当过监督官，是为数不多熟悉舰艇建造同时精通指挥的海军将领之一，以开明而务实的性格受到僚属人员尤其是青年军官们的推崇。东京大爆炸生时，他正率领第2舰队巡航于北部海域，不但幸运地躲过了一劫，还因积极组织人员进行搜救善后而受到了褒奖。
不过，古贺次担任联合舰队司令长官就陷入了非常尴尬的处境。联合舰队此次集结被指责是史上效率最低的一次作战集结，从大本营布命令到开拔居然历时152个小时，导致栗田健男的南方面舰队不得不在菲律宾海域独自对抗美国的主力舰队。一贯讲究高效率的日本海军倒不是因为骄纵自大而荒废了武功，这纯粹是东京大爆炸带来的后遗症——海军参谋本部和舰政本部原属的将领、官员多半在那次庆典中殒命，后补的军官和官员们都是临危受命，许多人根本不熟悉新岗位的运作方式，很多受征召的退休人员也是久疏战阵。在联合舰队重建集结命令下达后，驻扎在本土南部的第3舰队便由于补给物资迟迟不到位而无法开拔，第1和第2舰队则因东京大爆炸后投入一线救援而导致了大面积的人员伤病减员，直到舰队开拔，部分舰艇还有1o%的缺员，而大批后备人员和海军学员的加入迫使联合舰队不得不在航行途中开展各种训练，也由此生了多次非技术性的事故，有几次都影响到了舰队的航程。面对以上诸多困难，古贺和他的助手们想尽了一切可想之办法，使出浑身解数才使得联合舰队得以尽早出，所以从联合舰队指挥官的角度出，古贺是不希望一抵达菲律宾就跟美国人面对面打一场硬仗的，如若美国舰队知难而退，那么他只会让联合舰队装模作样地进行追击。
联合舰队抵达菲律宾海域之时，驻扎在菲律宾的日军航空部队已持续48个小时未能监侦到美军舰队的踪迹，另有情报现实夏威夷美军似乎在为舰艇入港补充休整做大规模的准备工作。即便如此，古贺蜂一还是慎重地摆开了迎战架势，他令状况最好的两艘轻型航母连同部分轻舰艇编成侦察分舰队前往菲律宾东部海域进行战斗警戒，自己率领联合舰队主力在侦察分舰队后方两百海里处跟进，一旦侦察分舰队现美军舰队踪迹，或是突然遭到敌人攻击，联合舰队主力立即以余下五艘航空母舰所载舰载机动反击。
接下来的三天，日军出动舰载机三百多架次、6基飞机两百多架次，对菲律宾以东海域进行了大范围、远距离的侦察，结果未能捕获美军舰队的踪迹，反而是夏威夷的谍报人员传回一条内容模糊的情报：望见美国舰队驶入珍珠港，有战列舰、航空母舰多艘。
古贺以为美国主力舰队真的返航夏威夷进行休整补充去了，他没有料到，美国人为这场局部战争酝酿和准备了很长时间，一开战便迅动员起整个国家的力量来，甚至极尽所能地借助外部力量协助作战。哈尔西指挥的美国太平洋第1特混舰队看似孤军深入，实际上并不缺乏后援，斯普鲁恩斯指挥的第2特混舰队便在其身后悄悄扮演着补给船队的角色，第1特混舰队消耗的舰载机和飞行员、因伤返航的轻舰艇及伤亡舰员均由第2特混舰队及时补充。除此之外，美军还将百分之九十的潜艇部队投入到了太平洋战场，为舰队作战提供警戒、侦察、掩护，对菲律宾日军的海上航线实施破坏，并且建立起了一条隐秘水下航运线，为菲律宾抵抗联盟武装运送各种装备、弹药、器械、人员，使菲律宾日军顾此失彼……
基于手里掌握的各种情报信息，古贺决定率领舰队主力前往马尼拉，一方面让那些精神紧张的新手们稍稍放松一些，另一方面，他准备分派舰艇加强对菲律宾各岛屿的封锁，派遣6战队协同6军部队夺回被占领的城镇据点，绞杀菲律宾抵抗力量。适逢连日阴雨，担负侦察警戒任务的两艘轻型航母遂被召回，转由6基航空部队和大型水上飞机进行远程侦察，那些装备雷达设备的轻巡洋舰和大型驱逐舰则负责机动警戒巡逻。结果，联合舰队主力刚刚驶入马尼拉湾，哈尔西便指挥着美国太平洋第1舰队杀回菲律宾海域，前一次美军夜袭马尼拉所造成的惨况让古贺蜂一的参谋幕僚们甚是惊惶，一贯淡定的古贺这下也大为紧张，他连夜率领主力舰艇驶离马尼拉，却遭美军潜艇部队埋伏。按照以往的作战经验，联合舰队那些加强了反潜能力的驱逐舰足以赶走那几艘借着月黑风高前来摸鱼的美军潜艇，然而美国人已经用上了声响自导鱼雷、磁性自导鱼雷等技术日趋成熟的新式装备，他们的潜艇连续在远距离突施冷箭，于当晚接连击沉日军巡洋舰两艘、驱逐舰五艘，创伤日军经过现代化改装的战列舰“近江”号，重创日军轻型航母“海鹰”号。