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田小四十六日晚就赶回了田府，把少爷的意思告诉了主母们，焦宛儿、安小慧就等夫君的命令了，杨宛虽然觉得不妥，既然是夫君下的命令，就只得尊重夫君的意思，大家商量一之后，由安小慧和田小四的官兵配合楚参将、菜参将的行动，天亮后田府所有的让，都得到准备教训府外闹事的人群的命令。
楚昭南、蔡大山得到田承嗣的命令后，命令官兵向围在田府附近的人群发出最后通牒，要这些人在正午之前离开田府附近，不过包围田府的人群并不理睬锦衣卫的喊话，除了极少数人因各种理由离开外，绝大多数的人还是继续围着田府，并不断的喊着血债血偿严惩田承嗣的口号。
到了已时时分，围攻田府的人群里，一些有身份地位的人，被人陆陆续续的喊走，但大多数底层的复社支持者并没有注意到这个情况，临近正午田府外锦衣卫官兵严阵以待，田府大门里也涌出一队队官兵，田府外的气氛顿时紧张起来。
有些围攻田府的百姓见事不对，开始脚底抹油溜走了，但是大多数人还是不愿意离开，毕竟他们的前面还有两千南京御林军官兵和三百多应天府衙役，不少人还想看着锦衣卫跟御林军、应天府衙役打起来，这样更坐实田承嗣谋反的罪行，让朝廷拔掉田承嗣这个江南百姓的祸害。
终于中午时分到了，锦衣卫官兵多达五千人，整齐划一举着刀枪盾牌缓缓向御林军和应天府衙役逼去，率领御林军的保国公朱国弼大声喝道：“你们这是干什么？难道你们锦衣卫要造反吗？”
楚昭南、蔡大山都是江湖亡命之徒出身，根本不理保国公朱国弼的吼叫，继续指挥锦衣卫压上，保国公朱国弼急了拔出自己腰间的宝剑来，“嗖”一支羽箭击中保国公朱国弼的手腕，保国公朱国弼大叫一声滚落马下。
锦衣卫官兵齐声大喊：“杀啊，杀了这些复社的走狗。”
保国公朱国弼被自己的亲兵家仆扶起，右手腕钉着一支羽箭，右手腕流出的血洒了朱国弼一身，保国公朱国弼听见一片喊杀声，抬头看时锦衣卫杀了过来，朱国弼是又急又痛气得浑身发抖。
应天府的衙役首先一哄而散，紧接着御林军也开始溃散，保国公朱国弼大喊大叫制止手下逃走，“轰”的一下，锦衣卫跟御林军撞在了一起，锦衣卫官兵对御林军官兵刀枪相加，锦衣卫官兵缺乏思想准备，刹那间数十个御林军官兵倒在血泊中，惊慌失色的御林军护着保国公朱国弼作鸟兽散。
围攻田府的复社学子和市民被暴露出来，锦衣卫官兵拿起准备好棍棒*，狠狠的抽打着复社学子和市民，一眨眼的功夫，锦衣卫官兵就打倒了一百多人，几千复社学子和市民见锦衣卫官兵非常凶悍都纷纷开始逃窜。
当锦衣卫官兵撵着复社的支持者进入小巷时，遭到了这些复社支持者的伏击，他们动用了棍棒甚至刀剑，锦衣卫官兵先后有十几人受伤，于是一场有限度的打斗变成了杀戮，红着眼睛的锦衣卫官兵对这些反抗的复社支持者大加杀伐。。。
兵部尚书史可法赶到大功坊时，街面上躺满了死伤的人，鲜血把大街染得通红，史可法被眼前的情景惊呆了，田承嗣不是说只是驱赶围攻的市民吗？怎么会变成了一场大屠杀，天啊，如果知道会是这样的结果，自己一定会全力以赴阻止复社对田府的包围行动。
锦衣卫这次清理行动先变成杀戮，复社的支持者有五百多人被杀两千多人受伤，御林军死伤近百人，锦衣卫官兵三死四十余伤，只有应天府衙役逃得快没有伤亡，金陵城百姓陷入了恐怖之中。
田承嗣得到田府外杀戮的消息后，感叹计划没有变化快，既然锦衣卫官兵已经做下了，自己就准备承担这份后果，楚昭南派手下向田承嗣请示，要对复社的领导人进行清算，田承嗣犹豫了一会，还是拒绝了楚昭南的要求。
田承嗣继续留在江浦以静制动，可金陵城的人就是犯贱，遭到锦衣卫杀戮之后，田府周围再也看不见人了，就是地上的尸体和伤者都是跟田府亲近的南京锦衣卫弄走的，因为怕田承嗣报复，复社的领导人陈贞慧、冒辟疆等趁乱逃之夭夭了，而失去了柳如是的钱谦益则在城外的院子没有逃离。
从十二月十七日至二十日，金陵城显得异常的平静，田承嗣也没有对复社穷追猛打，终于在二十日傍晚，返回了金陵城田府，见过了自己的母亲后，田承嗣返回自己的院子，焦宛儿、安小慧、杨宛、田蓉、温茜兴高采烈把田承嗣接住，田承嗣又成了一只小蜜蜂飞入花丛中了。
田承嗣住在田府里，跟焦宛儿、杨宛、田蓉、温茜浓情蜜意花好月圆，但是这几天硬是没有场面上的人来田府拜见，马公子马敬贤躲在秦淮河的香闺里，阮大铖藏在金陵城外的牛首山别院，连一向走动积极的斗儿也没有来田府一趟。
金龙帮、田小四、温正传方面来消息，金陵城的官员士绅写信给京城亲戚好友，让京城亲戚好友上折子控告田承嗣滥杀无辜密谋造反，而江南的其他州府反田承嗣反锦衣卫的游行示威则愈演愈烈。
田承嗣心说自己会怕皇上吗？这些复社的人真是脑子进水，既然复社要跟自己玩，自己就奉陪到底，于是田承嗣命令花铁干、牛成熊、覃衍火、楚昭南、蔡大山、游正普等部前往江南六府弹压复社乱民，暗中跟温正下令对复社江南各府领袖采取定点清除。
锦衣卫各部在十二月底赶到苏州、松江、常州、杭州、嘉兴、湖州六府，花铁干率部进入苏州，在苏州巡抚衙门杀集会的复社士子百姓一百多人，苏州官员士绅噤若寒蝉，全城顿时一片安静，三日后花铁干率部离开后，苏州的两大美人卞玉京和董小宛也失踪了；牛成熊部突入松江城，松江的复社已经转入地下活动，牛成熊还是按名单索人，杀了十八个蹦的很欢的松江士子；覃衍火不没有进入常州城，但是当夜有十一个复社名人，被刺客杀死在自己的府里；嘉兴、湖州分别被蔡大山、游正普不进入，嘉兴、湖州的复社中人也被锦衣卫杀一儆百；楚昭南到达杭州城时，杭州巡抚黄鸣骏亲往楚昭南说情，请楚昭南转送一笔厚礼跟田承嗣，楚昭南只得驻营杭州城外等候田承嗣新的命令，但是杭州城里五个复社的强硬派学子，还是被杀死在自己的宅院里。
这时的田承嗣正在金陵城田府过年，年底发生了很多事情：十一月李自成攻克西安后，据西安，分兵四出。宁夏镇兵迎战，杀李自成军数千，李自成军退；平凉闻李自成军至，韩王遂奔庆阳，官吏皆逃；李自成军至平凉城下，不战而克；李自成军复攻宁夏，总兵官官抚民以城降；李自成军乃进逼庆阳，参议殷复兴集士兵守城久之，力不支城破战死；十二月李自成派遣前锋渡过黄河，进入山西，二十一日，攻陷平阳，杀西河王等三百余人，平阳总兵陈尚智降；于是山西州县先后溃，或望风请降，秦、晋之间皆被义军所占有；李自成军进逼甘州，巡抚佥都御史林日瑞，闻李自成军将至，急结西羌军，严兵以待，而自率副将郭天吉等扼守诸河沿，。时逢冬季，李自成军过河，直抵甘州城下，乘夜攻城，林日瑞等死，二十六日遂克甘州城。
闯贼李自成驰檄山西郡县说：倡义提营首总将军，为奉命征讨事，自古帝王兴废，兆于民心；嗟尔明朝，大数已终；严刑重敛，民不堪命；诞我圣主，体仁好生，义旗一举，海宇归心。渡河南而削平豫、楚，入关西而席卷三秦；安官抚民，设将防边，大业已定；只有晋、燕，久困汤火，不忍坐视。特遣本首于本月二十日自长安领大兵五十万，分路进征为前锋；我主亲提兵百万于后，所过丝毫无犯；为先牌谕文武官等，刻时度势，献城纳印，早图爵禄；如执迷相拒，许尔绅民缚献，不惟倍赏，且保各处生灵；如官兵共抗，兵至城破，玉石不分，悔之何及！
崇祯十六年十二月初二日，张献忠攻克建昌，初七日又攻陷抚州，张献忠攻克吉安、建昌后，广东、南韶各属城官兵皆逃，副使王孙兰请救不应，连城守将先据城叛，后愤而自尽，朝廷命南京兵部侍郎吕大器，代候恂为总督，无兵不能救援，湖广总兵左良玉亦不援。抚州遂为献贼所克。
崇祯十六年十二月二十四日，东阳诸生许都起事，许都，原左都御史许弘纲之孙，有声庠序，任侠喜交游，知县姚孙榘贪虐，借名备乱，横派各户输金，坐许都万金，许都，实中产，勉输数百，自诣告谒，孙榘大怒，摘许都所刊社稿名氏谓造逆反，治以酷刑，时输金者盈庭，然不平，有姚生执孙榘于座，笞打。群拥许都为主起事，巡按御史左光先闻变，调兵行剿。官兵所至屠掠，东阳兰谿人各保乡寨拒敌，官兵大败。绍兴推官陈子龙谓许都不当反，遣诸生蒋若来赍书往谕后，许都得陈子龙书降，浙江巡按左光先不顾陈子龙的请求，违背当初许下的诺言，将许都及部众六十余人杀死。
内阁首辅太师兼太子太师、吏部尚书、中极殿大学士周延儒师驻通州不敢战，被劾而于五月二十六日致仕，十二月初五日逮入京师，崇祯皇帝命人传诏，勒令周延儒自尽，籍没其家；另总督蓟、辽、昌、通等处军务，节制登、津抚镇范志完、赵光忭督蓟辽、永平、山海、通州、天津诸镇军务也伏诛。
崇祯十七年正月初一日，李自成在西安正式登基称帝，国号大顺，改元永昌，改西安为长安，称西京，以秦王殿为宫，增旧殿为九间，以符帝制，同时大修长安城，李自成追尊其曾祖以下均为皇帝，母吕氏为太后，规定其父、祖以及他自己的名讳，不得使用，他还册封高氏为皇后，陈氏为贵妃。
李自成大封手下那班出生入死的弟兄，权将军、制将军封侯，果毅将军、威武将军则封伯、子、男；刘宗敏、田见秀、李过、刘芳亮、张鼐、李双喜、袁宗第、刘国昌等被封侯；刘体纯、吴汝义、马世耀、李友、刘忠等被封伯；降将白广恩、陈永福、王良智(即献西安城的王根子)等也被封侯；其余被封子、男爵的则多达八十人左右。
李自成改动了大顺朝的官制，内阁被称为天祐殿，设大学士平章军国事。此职相当于丞相，由牛金星担任，宋献策则被任命为军师，行政机构虽仍为“六部”，但长官却升了格，原先只有侍郎各一人，现在则增设一个尚书，中央其他机构的名称以及地方机构的名称也作了改动，以示与旧朝有别；李自成分授各级官员，颁发新印，为了招徕读书人，大顺朝还开科取士，他特别关照谋士顾君恩，特意赏了顾君恩一班女乐，以回报其所献入关之策。
李自成仍然坚持三年免征之政策以收拢人心，不过这么多兵马要粮要饷，可不是件容易事，不征钱粮要维持军队粮饷，李自成向豪绅污吏追赃，在渭南大顺军就就责令当地豪绅出饷银一百六十万两，进了西安城后，李自成又故伎重施。他大宴西安城中缙绅大户，并把秦王府中的金银器皿分给他们，然后对他们说军中缺饷，希望这些官吏缙绅大户拿出银子以助军需。
于是李自成规定，当过九卿的出银五万，中丞三万，监司一万，知县之类的也要出五千。这种做法后来又被李自成用在北京，李自成的部下故意露出兵器，吓得那些官员缙绅直发抖，不得不按李自成提出的要求掏银子
崇祯十七年正月初八日，李自成统率主力，由西安出发开始东征，直杀北京，权将军田见秀则留守西安，前锋李友、白鸠鹤两员大将，已经于十二月十八日在禹门口渡过黄河，山西各州县官吏认清形势，基本上没有抵抗，沿途各州县是望风而逃。
田承嗣这个年过得很凌乱，复社的事情让田承嗣心情一直没有舒展过，长公主朱媺娖又把四皇子朱慈照带回京城了，最让田承嗣忧心的是觉华岛的官兵，崇祯十七年正月十五日元宵节，田承嗣得到曹州传来的休息，锦衣卫水军船队于崇祯十六年十二月二十九日抵达觉华岛，两天后锦衣卫水军船队载着一万一千多觉华岛锦衣卫和辽东百姓南归，正月初六日船队遭遇大海风，有九艘船沉没十三艘船受损，损失锦衣卫官兵百姓八百多人，还有一百多匹战马和一批粮食物资，船队为避风暴被迫停靠在登州海岸。