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神盾局这些年毕竟经历了不少的冲击，在杰弗里·梅斯执掌之后，虽然看上去还算是平稳，但实际上却是在每况愈下，从尼克·弗瑞时期，到科尔森时期，再到杰弗里·梅斯时期，神盾局对内对外的掌控力，每一次的变革，每一次都在急剧的下滑，到了现在，他们甚至连自家局长的安全都保护不了了！
自从上一次凌霄和神盾局的合作结束之后，神盾局的工作重心就转移到了两件事情上，一件是清空智能机器人艾达的硬盘，一件就是纳迪尔参议员涉嫌扣押一名异人的事件。
虽然说在前不久，纳迪尔参议员利用神盾局协同斯凯和罗比·雷耶斯大闹监狱为由，逼迫杰弗里·梅斯不得不派出西蒙斯帮她拯救一名异人，但是杰弗里·梅斯的应对也很快，他很快就同白宫中的一些强力人物达成共识，促成了神盾局和星际移民局的合作，从而解决了纳迪尔参议员的威胁。
威胁既然已经解除，那么之前他所受到的威胁逼迫，自然要报复回来，虽然说，那名刚刚变异的异人是纳迪尔参议员的弟弟，但他毕竟是一名超能力者，而根据做索科维亚监管协议，那名异人必须要在神盾局进行登记注册，否则的话，他和纳迪尔参议员都将受到美国政府的通缉。
这件事杰弗里·梅斯亲自前往处置，同时他也邀请了斯凯共同参与，作为神盾局和星际移民局合作的第一件案例，协助他们两人的正是西蒙斯，而从梅斯的言谈举止当中，他多少有些示威的意思。
梅斯处理纳迪尔参议员的事情，而另外一件事情，他却交给了科尔森来负责，而这件事情更加的棘手。
艾达的确是一名智能机器人，如果仅仅是如此的话，神盾局只要加强管控，就可以了，然而为了应对层出不穷的威胁，杰弗里·梅斯不知道是头脑发晕还是怎么回事，竟然让艾达阅读了黑暗神书。
或许他们是在实验黑暗神书的威力，或许是迫于凌霄和伊莱·莫洛的威胁，或许是已经提前考虑好了要销毁艾达，所以杰弗里·梅斯便让艾达阅读了黑暗神书，当然，这件事很可能科尔森也是同意了的。
不过在见识到伊莱·莫洛几乎拥有核武器一样的威胁之后，杰弗里·梅斯对此非常后悔，回来之后便立刻招集人手，商议清空艾达所有内存和硬盘的事情，实际上也就等同于将这个智能生命给直接摧毁。
对于这件事情，拉德克里夫博士虽然有些不满，但最终却也只能无奈的进行配合。
科尔森亲自监督，梅琳达，拉德克里夫博士，还有菲兹负责执行，这件事情，拉德克里夫博士亲自拍着胸脯作下了保证，当初在让艾达阅读黑暗神书之前，拉德克里夫博士就已经在她的系统程序内设置了多重的管理程序，只要他按下控制按钮，艾达就只有乖乖接受被清空一切数据的命运。
然而他失败了，当拉德克里夫博士按下按钮之后，艾达突然抬起头，一脸冷意的看向了拉德克里夫博士，她知道他想要做什么，但她不能任由任何人终结自己的性命。
如果以前只是一个普通的智能程序，那么在阅读了黑暗神书之后，艾达拥有了属于自己的灵魂。
接下来的事情自然很容易就猜得到，拥有了自我灵魂的艾达直接逃出了神盾局的围捕，不知所踪。
神盾局方面损失惨重，拉德克里夫博士和菲兹都被打晕了过去，而除了梅琳达，其他的几名神盾局特工全部都被艾达毫不留情的击杀，然后逃之夭夭。
就在梅琳达和拉德克利夫博士，还有菲兹回到神盾局的时候，艾达却突然入侵了神盾局的电脑程序，并且亲自打电话给科尔森，要求他主动交出黑暗神书，否则的话她就自己去取，那样的话，一旦造成神盾局的人员损伤，一切责任都要归到科尔森的头上。
科尔森当然不会因为艾达的小小威胁就把黑暗神书交出去，他也是经过了大风大浪的，当然知道一旦艾达拥有了黑暗神书，所可能造成的威胁，而且他也有足够的信心摧毁进犯神盾局的艾达。
艾达的确拥有不逊色于人类的智能，甚至还要更强，但是智能并不等同于智慧，在阴谋算计方面，艾达远远不如科尔森，尽管最后艾达的确在梅斯的办公室里找到里黑暗神书，但是她本人也被早就埋伏好的阿方索·麦肯锡一刀枭首，直接被毁掉了。
科尔森这边虽然有些波折，但最后却还是成功的完成了任务，然而杰弗里·梅斯方面，他们才算是遇到了真正的大麻烦，那名异人，他再将神盾局挡住之后，最终选择的和自己的姐姐一起走。
梅斯他们通过种种手段，最终锁定了纳迪尔参议员的位置，然而他们赶到的时候，却发现纳迪尔参议员正在试图杀死自己的弟弟，而站在她身边的赫然正是对变异人深恶痛绝的监察者的成员。
然而不管是监察者，还是纳迪尔参议员，他们都失败了，因为这名名叫维杰·纳迪尔的异人拥有超强的神经反应速度，甚至能在别人开枪之前，及时躲掉射来的子弹。
正是他的异人能力的突然爆发，让他避开了监察者的枪口，而当神盾局的人赶来的时候，他却在神盾局的人面前保护了自己的姐姐，并且选择跟他一起走。
维杰做出了自己的选择，他同样承受了这个选择所带来的代价，就在他乘坐直升机和姐姐一起离开的时候，近在咫尺的纳迪尔参议员，却是突然一枪击中了他的胸口，然后在哭泣声中，将他从高空中推了下去。
原来纳迪尔参议员的父母，死在了奇瑞塔人入侵地球的那一天，而她没有将这一切归罪到外星人的头上，反而怪罪起了帮助人类将奇瑞塔人赶出地球的复仇者和他们的帮凶神盾局。
对于复仇者，纳迪尔做不了多少，但她是整个参议院里，最积极推动索科威亚监管协议的人。
而面对重新归来的神盾局，她也从来没有停止对他们的舆论打击，更甚至于和监察者搅和在一起。
而当发现自己的弟弟在沉睡了七个月归来，拥有了超能力之后，她不是选择将这种能力纳为己用，而是选择彻底摧毁这种能力，彻底摧毁她自己的亲弟弟，可想而知她心里的仇恨究竟有多强。
监察者已经被神盾局和美国政府定义为恐怖组织，而纳迪尔参议员则是和监察者搅和在一起，尽管手上没有太过实质性的证据，但是杰弗里·梅斯还是选择对纳迪尔参议员开始采取行动，监控她的一举一动。
还没有等神盾局找到纳迪尔参议员和监察者勾结的实际证据，监察者已经先一步攻击了杰弗里·梅斯。
就在杰弗里·梅斯在洛杉矶代表神盾局接受市政府的颁奖时，他却遭到了监察者的突然袭击，而这一次，在躲过了袭击之后，杰弗里·梅斯并没有选择和其他人追查袭击者，而是在克尔森和阿方索·麦肯锡的保护下，执行掩体应急计划，乘坐蝶式飞机，带着手下伯恩斯，离开了洛杉矶。
而在同一天接受市政府颁奖的，还有代表星际移民局的斯凯，凌霄因为自身修行没办法出现，所以只能由她来代表，而当她一跃而起，跃到高楼楼顶抓住枪手的时候，却发现梅斯已经乘坐蝶式飞机离开了！
等到事情稍稍平息，斯凯也赶到神盾局总部的时候，他们却突然发现梅斯乘坐的蝶式飞机突然在雷达上失去了信号，而从被抓住枪手的口中，他们也知道了之前的袭击不过是第一阶段的计划而已。
而就是这一次的飞机失事，让凌霄终于知道了杰弗里·梅斯的真正身份。