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但是君玉还是有努力的，提前通过史书中鸟尽弓藏的例子提醒了老阁主，也通过琅琊阁的势力调查了夏江的作为。可是林帅出征一事已成必然，蔺阁主调动琅琊阁势力拦截夏江人马，却抵不过皇帝想要杀了林帅的心。林帅因为老阁主的信，在梅岭藏起了一部分赤焰的火种，本想将林殊也留下，却被他偷跑了出来。老阁主担心好友，赶去前线，却也只来得及带回了身受重伤的林帅和已经中了火寒之毒的林殊。
君玉和蔺晨去了金陵，君玉本想以假死药救出祁王，毕竟是琅琊榜中最惊艳的人物，两个男主角都是他教导出来的，若是这样死去也太可惜了。但是祁王也是有着自己势力的，早将一切弄清楚，知道自己的父皇在明知自己是被冤枉的情况下，依旧因为忌惮而要置自己于死地，心如死灰，最后留下了血书，自己服了毒。
宸妃因为儿子已死，也不愿离去，三尺白绫自缢而亡，君玉无奈，这场悲剧终究没能改变，不过值得欣慰的是，君玉终究以林殊还活着的消息劝动了晋阳长公主，假死跟随自己回了琅琊山。琅琊阁虽超然物外，但蔺晨对于朝中的一些忠臣还是很敬佩的，也是看在林帅的份上，和君玉一起救下了一批，安顿在琅琊阁的暗桩中。
林殊虽然有父母在身边，却依旧选了第一种解法，为此晋阳长公主几乎哭瞎了双眼，却依旧没能改变他的心意。当时林帅重伤未醒，林殊又执意选择那种削皮挫骨的解法，晋阳长公主几乎快崩溃了。后来林帅醒来，和已经恢复说话能力的林殊深谈了一次，两人谈了什么没有人知道，那以后林帅便没有再干涉过林殊的任何决定，还帮他劝着晋阳公主。林殊身体好了些后，就离开了琅琊山，去江左发展，将林燮留下的火种和君玉等人救下的祁王一党聚拢，同时查探四散隐匿的劫后余生的旧部，成立了江左盟。
君玉给林殊诊过脉，发现火寒之毒不愧是天下第一奇毒，她的医术修炼了几世，还学了炼丹之术，却依旧无能为力。连金丹期时炼制的清蕴丹也只能解一时吸血之瘾，却根本不能清除。最后只能眼睁睁看着他选了那第一种解法，落入和剧情中一般的境地。
如今十二年过去，林帅当年中了四箭，有一箭伤及肺腑，虽被救了回来，身体却一直不好，在晋阳公主的陪伴下在琅琊阁修养。但是毕竟曾身受重伤又常年郁结于心，林帅的身体每况愈下，如今只能靠君玉在药中掺的培元丹吊着命了。但也最多只有一年多的寿命，这种事情自然不能瞒着林殊。初闻此消息的时候，心神激荡下一口鲜血喷出，让君玉和蔺晨又是一通忙碌。
在他身体稍微调养好后，就拜托蔺晨帮忙，启动了多年来的布局，说是决不让父亲带着遗憾和骂名离开人世。君玉等人劝不住，只好答应，剧情也进入正式开始。
君玉经过这么多年的研究，还有寒医荀珍、她师傅和蔺晨一起探讨，对于火寒之毒也算研究的很是透彻。当初削皮挫骨虽然让林殊元气大伤，但君玉曾给他服过培元丹，按理应该可以修补他的身体，不应该如此虚弱。君玉拿各种动物实验了多次，才发现这是因为他虽削皮挫骨拔了毒，可是骨髓中仍旧残留了些许寒毒，不停蚕食着他的身体，时时复发的寒疾也是因为这个。
君玉这些年一直在想办法拔出他骨髓内的毒素，可是一直不得要领，最后决定用炙热之物试试，可是在动物身上尝试的时候，那些动物无一不抽搐而亡。寒毒中隐藏着火毒，不能用至热之物消除，因此君玉一直研究着这个世界的各种药草想找出解毒之法，连冰续草都被她弄来了两株，一株在研究后练成了冰续丹，一株被她种在了空间里，以供她之后的研究。后来实在没办法，君玉开始研究空间里收着的各种药物，最后终于有了些眉目。
君玉打算以九门世界中拿到的以蓝蛇胆和冰续草为药引，调节药性，克制隐于寒毒中的火毒。蓝蛇生活于极寒之地，其蛇胆有一定的寒性，却可解百毒，君玉试过后才发现它居然和冰续草相辅相成。然后以空间中竹蕴真君给的一株万年血珊瑚的枝杈为主药，以其中的至阳之力化解寒毒。在动物身上的实验效果不错，不过不同的配方会影响梅长苏以后身体状况，为了让他能再次习武，君玉一直在斟酌配方。还好空间作物的长势喜人，不然也经不起她这么浪费。
君玉和蔺晨来到江左，飞流听到蔺晨的声音本来想躲开，却看到了君玉，于是直接折返扑进了君玉怀里。蔺晨在旁边伸手想要捏他的脸，却被君玉一巴掌拍了下去，然后对着飞流说：“飞流好像又长高了，羽姐姐给你带了玩具还有点心，以及给甄平拿到你房里去了，回房就能看到了！”
“谢谢！”飞流对着君玉甜甜一笑。飞流很喜欢君玉，和喜欢苏哥哥一样喜欢，因为君玉会帮他治伤，会给他做机关巧簧的玩具，会给他做各种好吃的点心，还会在他被蔺晨欺负的时候护着他。
“乖！回去吧！我们去找你苏哥哥商量点事情。”君玉宠溺的看着飞流，飞流心智未开，却很单纯，你对他好他也对你好，而且是一辈子的掏心掏肺，君玉很喜欢他的性子，因此一直宠着他，引得蔺晨因为吃醋更喜欢逗飞流了。
君玉和蔺晨相携进入梅长苏的房间，梅长苏道：“蔺少阁主和宫羽姑娘驾到，苏某有失远迎啊！”
蔺晨和君玉懒得和他耍嘴皮子，上前坐下，蔺晨直接问道：“你真要跟萧景睿那两个公子哥一块进京？”
“他们两个身份尊贵，又不涉朝政，最合适不过了。这件事情总要有个开端，如果我不随他们去，难道还真的要我接受太子和誉王的招揽，以谋士的身份进京不成。”
蔺晨甩了甩扇子，道：“罢罢罢，反正我们劝不动你，我也不管了，随你吧！”
君玉和蔺晨为梅长苏诊了脉，身体还好，至少比剧情开始的时候好，培元丹还是有一定效果的，虽然一边补一边漏，但好歹没有恶化，到时候结了毒还是可以练武的。自从君玉研究出了解毒的初案后，梅长苏的主治医生就换成了她，君玉拿出了一瓶培元丹和一瓶清蕴丹，道：“你身体你自己也知道，就是个无底洞，这一瓶是固本培元的药物，记得一月一粒，按时吃。这一瓶，你心力交瘁时服一粒即可，切莫多吃。我已经研究出了解毒的药方，等我调整好药物的配比，就去金陵给你解毒，到时候你仍旧可以习武练兵，做回你的林殊！所以在此之前，你一定不许出事！”
梅长苏很激动，他从未想过自己还能有重回战场的一天，感激地看着君玉和蔺晨道：“谢谢！让你们费心了！”
蔺晨受不了他的目光，转了头道：“知道就好，小羽儿可是用了很多珍贵药材在实验，就为了让你能重拾武功，你可一定要保重自己。若是让她的功夫白费了，我就没你这个朋友！”
“好！”梅长苏哽咽道。
君玉看着门口的黎刚，知道怕是萧景睿两人已经到了，于是道：“好了，萧景睿和言豫津已经到了，你也准备一下吧。蔺晨过几天会到南楚去，我研究好配方之后就去金陵帮你。这是烟雨楼的令牌，有事去找他们帮忙吧。若是遇上滑族的人，你……”
宫羽滑族人的身份蔺晨和梅长苏都知道，君玉与滑族没有什么渊源，但是宫母却对滑族感情很深，甚至还在玲珑公主手下待过，君玉也要顾及她的想法。
梅长苏道：“放心，我不会赶尽杀绝。”
君玉点头，道：“多谢，不过对于一些认不清现实的人也不必留手。”
蔺晨在一旁笑着道：“小羽儿你放心，滑族怎么都不会灭族的，皇帝老儿和滑族的女人还有一腿呢！那誉王也是滑族血脉，不管怎样他总不会出什么事的。”
“呵！”梅长苏讽刺一笑道：“那可不好说，咱们这个皇帝向来自私凉薄，杀子这种事，他又不是没做过！”
君玉看蔺晨的话又挑起了他的伤心事，转移话题道：“对了这两张地契送给你，一张在靖王府后面，仅仅一墙之隔。还有一个在穆王府旁边，你可以在那也挖个地道的！”说完和蔺晨一起揶揄地看着他。