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1879年9月6日，英国远征舰队的二十余艘航行至保皇党控制的北部沿海地区，科尔多瓦、累西腓、马塞约等沿海城镇皆遭受到英国军舰威慑，9月8日，三万巴西共和军搭乘英国军舰登陆巴伊亚州南部港口赛古鲁港，9月9日，3500余保皇党守军不敌共和军攻击，撤离赛古鲁港向北部内陆地区撤退，9月12日，共和军一路北上，先后收复被保皇党军队控制的伊列乌斯、伊塔卡雷，9月14日，共和军占领蒂尼亚雷岛，与驻守在瓦伦萨的保皇党军队隔海对峙。
9月17日，英国驻巴西公使奥斯顿调停共和党、保皇党两派争端，双方答应以蒂尼亚雷岛、瓦伦萨、塞拉格兰德一线为停火线，停火线以北的巴伊亚州北部地区、马拉尼昂州、皮奥伊州、塞阿拉州、北里奥格兰州、伯南布哥州等一共八个半州归属保皇党军队控制，停火线以南以及巴西北部地区的阿马帕州、帕拉州、托坎廷斯州都归属共和政府统治，两方军队皆退回划定的控制地区，不得越线挑衅。
在英国远征舰队支援巴西共和军发动沿海攻势前一天，也就是9月5日，汉国与英国、巴西、智利三方的停战谈判再次启动，有了第一次谈判的铺垫，第二次谈判刚开始就直奔主题，两方代表将一些只是提高要价，而对方根本不可能接受的条件剔除后，各自提出相对有诚意的和谈条件，然后英、巴西、智利三国代表分别就本国提出的条件与汉国单方面谈判，9月14日，第一轮谈判结束，汉国与英国、巴西两国就阿根廷问题达成初步共识，英国、巴西共和政府承认汉国对阿根廷、乌拉圭的兼并占领，而智利政府则反对汉国将巴塔哥尼亚荒原太平洋一侧的土地纳入统治，
9月15日，巴拉圭国王小洛佩斯进军圣保罗州受阻，在英国人压力下，也加入停战谈判，当天中午，巴西共和政府以达成与汉国的和解为由，退出对汉国和谈。
9月16日，汉国在海外殖民据点问题上做出让步，愿意将基斯马尤据点和姆特瓦拉据点交付英国政府管辖，同时汉国政府承诺纳土纳群岛非武装化，汉国方面停止在纳土纳群岛上面兴建新的防御工事，撤离多余的军队，岛上驻军人数限制在400人以内，而宋卡因为名义上属于泰国王国领土，汉国政府拒绝同意将宋卡交给英国马来殖民政府管辖，马来半岛是亚洲紧扼马六甲航道的咽喉，在南美事务上，英国人不在乎汉国人多占了几块土地，可是面对可能威胁马六甲海峡的外来武装，英国人丝毫不愿意让步，为了尽早达成和谈，胡亚基请示李明远后，表示愿意做出让步，汉国政府承诺1880年之前，撤出驻扎在宋卡的全部军队，不再干涉
宋卡内部事务，而作为交换，英国政府应该尊重宋卡主权，不得无故吞并宋卡所属领地。
与具有决定权的英国人达成停战协议，剩下一个智利，即使严重不满，最后在胡亚基答应不再干涉太平洋战争进程的保证下，不得不做出让步，默认汉国对巴塔哥尼亚荒原太平洋一侧地区的所有权，汉国政府与智利以瓦尔迪维亚为分界线，由此，汉国政府获得了包括太平洋地区的出海口，包括瓦尔迪维亚、蒙特港在内的两个港口城市都将成为未来二十年，新崛起的两个移民运输口岸。
签订《里约热内卢合约》，汉国正式获得了阿根廷、乌拉圭、巴塔哥尼亚荒原太平洋一侧的出海口，百分之八十以上的拉普拉塔平原地区落入汉国掌控中，汉国获得了成为崛起大国的根基之地，而英国通过谈判，解决了巴西共和政府的危局，摆脱了深陷南美战争泥潭的尴尬境地，当然，最被英国人重要的是，破坏了汉国、巴拉圭、玻利维亚、秘鲁四国间的攻守同盟，没有了汉国强力武力的支撑，穷兵黩武、国内经济不断恶化的巴拉圭王国统合不了秘鲁、玻利维亚，面对巴拉圭、秘鲁、玻利维亚三国政府各自为战的局面，白金汉宫的政客们确信，单靠大英帝国的威名和远征舰队的威慑，足以恢复英国资本对秘鲁、玻利维亚两国的控制，而失去同盟依靠的小洛佩斯，面对对外扩张方向被堵死的局面，最多挣扎个三五年，便会因为内部矛盾激化而被推翻下台。
汉国、巴拉圭、玻利维亚、秘鲁四国联盟因为《里约热内卢合约》的签订走到尽头，而实际上，在第二次阿根廷战争进行期间，四国同盟便名存实亡，先是小洛佩斯按兵不动，坐视汉国军队三面作战，后来小洛佩斯兴兵攻打巴西共和政府，汉国方面也没有出兵助战。
十年时间过去，四国间的实力对比发生了颠覆性变化，秘鲁、玻利维亚两国内部军阀林立，依靠政变上台的国家总统，十年间换了几波人，两国的军事实力、经济实力依旧徘徊不前，巴拉圭方面，即使领土面积扩增到120万平方公里，小洛佩斯先后将巴西的南马格罗索州、戈亚斯州北部、马托格罗索州部分地区并入统治范围内，但是在人口方面，巴拉圭人口只是增加到60万，和汉国800万人口数量相比，差距太过悬殊。
人口、经济、军事实力皆超过其余三国，继续维持四国同盟，除了耗费财力和招致其他三国顾忌外，还无端引起英国人忌惮。
四国同盟失去了十年前的作用，吞并整合阿根廷、乌拉圭等新占领区的汉国已经不需要拉拢秘鲁、玻利维亚两国抱团取暖，因此，顺应英国人的心意，牺牲秘鲁、玻利维亚、巴拉圭三国的利益，换取宝贵的和平发展期，对汉国方面而言，是一笔比较划算的买卖。
南美洲大西洋一线战火停歇，另一线的太平洋沿岸，没了汉国军队牵制，智利海军憋着一肚子火气，沿着海岸线北上去找玻利维亚、秘鲁两国的麻烦，9月20日，伊基克陷落，9月22日，智利海军兵围秘鲁首都利马，城内的秘鲁军队两次出城作战都没能打破智利军队的围攻，9月26日，智利海军两艘大型铁甲舰利用海水涨潮期，驶进军港，炮轰利马城，9月28日，两万智利陆军在海军舰炮配合下，攻进利马城，秘鲁总统不幸被俘，被迫签订屈辱的停战条约，将莫克瓜省、塔克纳省、塔拉帕卡省、阿里卡市、伊基克市五地割让给智利。
10月2日，玻利维亚政府独木难支，也不得不承认智利占领安托法加斯塔的事实，至此，历史上持续4年的鸟粪战争提前结束，智利在失去南部巴塔哥尼亚荒原地区所有权后，从秘鲁、玻利维亚两国手里夺取了重要的硝石产地，而且和历史上相比，智利方面额外从秘鲁手里获得了莫克瓜、塔克纳两省，总体比较起来，倒也不算太吃亏。